《零纪元》在副本设定上每十级制作了1~2个副本、并且副本的作用也并不相同。有经验副本例如“龙蛋谷”、“盘山道”、“太阳神殿”等，也有装备副本例如“永夜村”、“黄金矿井”、“森林结界”等，还有无限副本如“大地之心”、“幻境”等。

除个人副本“大地之心”，所有副本都遵循组队进入原则，并且传统意义上的“战法牧”铁三角原则必不可少。经验副本主要用来让某个等级段的玩家能够获得海量经验，淡化练级的枯燥。所以副本难度较为合理，组队进入的玩家一般都能完成，并且该类副本会根据进入玩家等级的不同进行调整。

装备副本则采用了截然不同的设定方式，对于进入玩家的职业搭配、装备效果以及个人实力都有着极高的要求。当然在完成副本之后，玩家们获得的奖励也极为丰厚，一般来说当前等级段的紫色顶级装备，都来源于装备副本。

同时为了降低玩家们挑战装备副本失利后的挫败感，很人性化将装备副本分为4级难度。低难度副本固然不会有什么好的产出，但是对于玩家们磨合团队、熟悉副本都有着极大的好处。

而类似“通天塔”的无限副本，研发人员在制作时也极为细致的做了区分，避免雷同。“大地之心”用来让玩家进行个人实力试炼，每通过一定数量的关卡就能获得丰厚的奖励，达到一定的要求后还能获得免费抽奖机会。

而“幻境”则作为团队无限副本出现，满足长时间在线的玩家获取一定数量的经验和装备，而不至于只能挂机无事可做，很多友谊就是在“幻境”中刷出来的。